Первые упоминания об особых судах для торгового сословия встречаются в уставной грамоте новгородского князя Всеволода Мстиславовича и относятся к 1135 году. Через пятьсот двадцать лет были учреждены особые таможенные суды, состоявшие из «лучших торговых людей».

Дальнейшее развитие началось при великом преобразователе страны Петре I. В 1699 году в Москве учреждается бурмистерская палата, в 1719 создается Коммерц-Коллегия, которая ведает торговыми и вексельными делами, а в четвертом департаменте Сената, высшей апелляционной инстанции по торговым делам четко прослеживаются черты Высшего Арбитражного Суда Российской Федерации.

В 1832 году появилось Общее положение об учреждении коммерческих судов в России, и эта судебная система стала предшественницей нынешней системы арбитражных судов. Главной особенностью коммерческих судов, как отмечали в то время, являлось стремление «к возможно скорому разрешению дел».

Октябрьская революция отменила эти суды: они оказались не нужны, споры между советскими организациями, учреждениями и предприятиями можно было решить в административном порядке.

21 сентября 1922 года утверждено  Положение о порядке разрешения имущественных споров между государственными учреждениями и предприятиями. 3 мая 1931 года появилось Положение о Государственном арбитраже, а после принятия Конституции СССР 1977 года арбитраж был признан Конституционным органом.

Поскольку Курганская область как административно-территориальная единица  была образована Указом Верховного Совета СССР от 6 февраля 1943 года, учреждение государственного арбитража в субъекте произошло только в апреле 1943 года.

Государственный Арбитраж Курганской области  занимался рассмотрением хозяйственных споров,  обеспечением  восстановления нарушенных  прав  и  законных   интересов сторон при принятии решения по спору, выявлением нарушений законности, государственной дисциплины и прочее.

По своему существу, система государственного арбитража практически стала органом управления и вмешательства исполнительной власти в хозяйственную деятельность предприятий, учреждений и организаций, и к суду никакого касательства не имела.

Только с созданием рыночных отношений в стране вновь возникла потребность в формировании независимой судебной системы для рассмотрения экономических споров между хозяйствующими субъектами.

В июле 1991 года принят закон «Об арбитражном суде» и ряд иных законодательных актов.

Датой создания Арбитражного суда Курганской области считают 2 апреля 1992 года. В этот день Верховный Совет Российской Федерации избрал главного государственного арбитра области Варлакова Владимира Ильича председателем Арбитражного суда Курганской области (Постановление Верховного Совета Российской Федерации № 2642 - 1 от 02.04.1992). Постановлением Верховного Совета Российской Федерации № 2966 от 11.06.1992 избраны первые судьи Арбитражного суда Курганской области: 
- Морозов А.А. - первый заместитель председателя суда;
- Тихонов В.С. - заместитель председателя;
- Гунбин Л.П. - судья;
- Калинина Л.Ф. - судья;
- Пирогова Л.П. - судья;
- Вербенко Т.Л. - судья;
- Истомина З.М. - судья.

После создания самостоятельного государственного органа администрация города предоставила суду здание - бывшую контору Госплодоовощторга по улице Коли Мяготина. Затем администрация города Кургана предложила арбитражному суду помещение по улице М. Горького, 156. Одно время в нем размещался детский сад трикотажной фабрики, затем его закрыли, и некоторое время помещение было без присмотра. Зданию требовался капитальный ремонт. 

Законы быстро принимались и столь же быстро в них вносились поправки. Документы приходили из Москвы с большим опозданием. Судьи руководствовались текстами, которые были напечатаны в газетах - официальных печатных изданиях. Газеты стригли, клеили, раскладывали по папкам. Судьям нелегко было найти ориентиры в созданном наспех правовом поле. Если в противоречия вступали указ президента и закон, то приоритет отдавали закону. Если не состыковывались между собой два закона, основывались на том, что был принят позже.

Со временем выросла нагрузка,  соответственно увеличились и штаты. Коллективу стало тесно в небольшом здании. И тогда суду было выделено еще одно небольшое помещение по улице Советской, 192. И вновь пришлось обустраивать здание с нуля. К тому же двойное размещение было неудобно и для организации судопроизводства и для посетителей: дублировались некоторые службы, приходилось перевозить почту из здания в здание.

Указом Президента РФ от 01.09.2003 председателем Арбитражного суда Курганской области был назначен Страшков Анатолий Михайлович, который инициировал совместно с администрацией Курганской области строительство нового помещения для арбитражного суда. Первые сваи здания забили в 2005 году.

С 2007 года Арбитражный суд Курганской области расположился на первых трех этажах шестиэтажного здания, расположенного на живописном берегу Тобола. До 2012 года Арбитражный суд делил здание с АО «Курганэнерго». В суде было 4 зала судебных заседания. С 2013 года Арбитражный суд Курганской области занимает все здание, находящееся по улице Климова, 62.

В соответствии с планом, все пространство здания суда разделяется на две зоны: общественную и служебную. В общественной зоне размещаются залы судебных заседаний, архив,  канцелярия суда, конференц-залы. В служебной зоне расположены кабинеты руководства суда, судей и сотрудников аппарата, отделы суда. Новый дворец правосудия позволил комфортно разместиться всем сотрудникам суда и обеспечил им надлежащие условия для отправления правосудия.

В Арбитражном суде Курганской области активно используются передовые информационные технологии. 

С 01.11.2010 в связи с вступлением в силу изменений в Арбитражный процессуальный кодекс РФ протоколы всех судебных заседаний ведутся с использованием средств аудиозаписи. По ходатайству лиц, участвующих в деле, судебное заседание может быть проведено с использованием системы видеоконференц-связи, позволяющей проводить заседание с участием сторон из нескольких субъектов Российской Федерации без их непосредственного присутствия.

Начиная с 2010 года, в судебно-арбитражной системе совершенствуется документооборот. Через сайт ВАС Российской Федерации или сайт суда стороны судебного процесса могли направить документы в электронном виде.

С 2011 года, благодаря созданной Высшим Арбитражным Судом РФ системе «Мой Арбитр» арбитражные суды стали оперативно получать информацию по любому арбитражному делу, видеть тенденции судебной практики. Участники процесса обрели возможность подачи документов через электронную систему «Мой Арбитр».

Кабинеты судей и работников аппарата оснащены современной оргтехникой, в залах судебных заседаний установлены комплексы, позволяющие вести аудиопротоколирование судебных заседаний, в двух залах установлена система видеоконференц-связи, кроме того, для посетителей в здании суда установлены информационные киоски, с помощью которых можно оперативно получить информацию о результатах рассмотрения того или иного судебного дела, о графиках судебных заседаний.

Для обеспечения безопасности судей, работников аппарата и посетителей в Арбитражном суде Курганской области установлены современные системы контроля и управления доступом в здание суда, стационарный металлодетектор, установка досмотра ручной клади, система видеонаблюдения, система охранно-пожарной и тревожной сигнализации, системы оповещения людей о пожаре и управления эвакуацией.

Таким образом, на сегодняшний день в суде создана современная материально-техническая база, которая способствует плодотворной деятельности судей и работников аппарата суда и обеспечивает хороший потенциал для дальнейшего развития и совершенствования суда.

23.10.2015 председателем Арбитражного суда Курганской области назначен Доставалов Вячеслав Валерьевич, ранее занимавший должность заместителя председателя.

Для реализации функции по рассмотрению дел в суде действуют две судебные коллегии: по разрешению споров,  возникающих из гражданских правоотношений и по разрешению споров,  возникающих из административных и иных публичных правоотношений. Гражданская коллегия насчитывает три судебных состава (один из них рассматривает дела, связанные с несостоятельностью (банкротством). Административная коллегия объединяет два судебных состава. В структуру составов входят «офисы судей», состоящие из судьи, помощника судьи, секретаря судебного заседания.

Для организационного обеспечения работы суда действует аппарат, состоящий из шести отделов.

Со дня своего создания Арбитражный суд Курганской области прошел большой путь становления и развития, и сегодня на современном этапе можно с уверенностью сказать о том, что в суде созданы все условия для плодотворной деятельности судей и работников аппарата суда, а сам суд занимает достойное место в системе арбитражных судов Российской Федерации и своей деятельностью способствует повышению эффективности судебной защиты прав и свобод субъектов экономических правоотношений и укреплению доверия общества к судебной власти.